水处理杀菌剂又称杀菌灭藻剂、污泥剥离剂或抗污泥剂。一类能抑制水中菌藻和微生物的滋长，以防止形成微生物粘泥，对系统造成危害的化学药品。包括氧化性杀菌剂，如氯气、次氯酸钠、漂白粉、臭氧、氯胺等，非氧化性杀菌剂，如氯化十二烷基二甲基苄基铵、溴化十二烷基二甲基苄基铵、二硫氰基甲烷等；重金属化合物，如氧化汞、氯化汞、氟化汞等；粘泥杀菌剂，如松香胺、过氧化氢、双胍聚合物等。
次氯酸型杀菌剂，主要有氯气和次氯酸钠，在水中水解成次氯酸，次氯酸体积小，不荷电，易穿过细胞壁；同时，它又是一种强氧化剂，能损害细胞膜，使蛋白质、RNA和DNA等物质释出，并影响多种酶系统(主要是磷酸葡萄糖脱氢酶的巯基被氧化破坏)，从而使细菌死亡。因为其作用机理是通过游离次氯酸的形态杀菌的，故归类为次氯酸型杀菌剂。
溴及溴的化合物，与次氯酸型杀菌剂的原理差不多，在水中水解生成游离的溴化氢，溴化氢进入细胞壁，与细胞内蛋白质作用，从而破坏蛋白质结构，达到杀菌目的。
二氧化氯，二氧化氯对微生物细胞壁有较强的吸附穿透能力，可有效地氧化细胞内含巯基的酶，还可以快速地抑制微生物蛋白质的合成来破坏微生物。
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